Kloster und Kirche liegen in dem vom Klingenbach durchflossenen Waldtal nördlich von Geisenheim, ehemals Schönthal, später auch Mergendhal genannt. Junker Hans Schaffrath von Eppelsheim, der bei der nahegelegenen Töpfersiedlung Düppenhausen einen Hof besaß, stiftete 1313 die Kapelle für ein wundertätiges Marienbild; sie wurde 1330 geweiht und erlangte bis um 1400 die heutige Ausdehnung. Die bedeutende Wallfahrtsstätte wurde 1463 den Kugelherren als Kloster übertragen, die hier 1468 die erste Klosterdruckerei Deutschlands einrichteten. 1566-87 folgte die Besetzung durch Augustiner-Chorherren und 1612-1773 durch Jesuiten. Nach Auflösung des Ordens kam die Wallfahrt zum Erliegen. Nach dem Erwerb durch Graf Ostein 1744 begann man mit dem Abbruch der Kirchengewölbe. Weitere Besitzer waren 1794 Christian Petry aus Niedergladbach, 1835 Freiherr von Gilsa und ab 1845/46 Fürst Clemens Lothar von Metternich. Auf Initiative von Bischof Blum wurden 1857-58 Kirche und Kloster nach Entwurf Philipp Hoffmanns wieder aufgebaut und das nach Geisenheim verbrachte Gnadenbild rückgeführt, 1872 das Kloster mit Franziskanern neu besetzt.
Klostergebäude
Die 1624 ausgebrannten, danach über den alten Resten wiedererrichteten Klostergebäude wurden 1717 durch die Jesuiten als Missionshaus erneuert und erweitert. Dieses enthielt 1773 die Wohnung des Hofmannes, eine große Stube mit Alkoven, acht Kammern und eine Küche. Der zweigeschossige, über neun Achsen gestreckte Bau mit hohem Walmdach wurde 1904 unter Einbeziehung der noch vorhandenen älteren Wirtschaftsgebäude vollständig umgebaut.
Der „höchst malerische und idyllische Reiz" der Umgebung (Inv. 1965) blieb nicht unverändert; anstelle des um 1860 errichteten ehemaligen Pilgerhauses neben dem Kloster entstand ein modernes Tagungshotel.
Klosterkirche
Die Kirche wurde nach Bauaufnahme durch Hoffmann unter Beibehaltung der mittelalterlichen Außenmauern in Anlehnung an ihre frühere Form wiederhergestellt. Verputzter Bruchsteinbau mit Werkstücken aus Sandstein. Gotisches Schiff von vier Jochen; gleichbreiter, innen erhöhter Chor mit 5/8-Schluss. Kapellenanbauten des 19. und 20. Jhs. an Nord- und Südseite wirken von außen wie ein Querschiff. Über dem Westgiebel vorkragender, achtseitiger Dachreiter in gotischen Formen. Mittelalterlich ist im Wesentlichen nur das reichprofilierte Westportal mit krabbenbesetzem Wimperg. Im Tympanon ein noch vom Vorgängerbau stammendes Relief, darstellend die Verkündigung zwischen hl. Katharina und hl. Antonius Eremita, darüber Rosenfries und Marienkrönung mit kerzentragenden Engeln, vom Anfang des 15. Jhs. (vergl. Pfarrkirche Rüdesheim).
Der Innenraum wird von Kreuzrippengewölben auf Konsolen überspannt. Die massive Westempore ruht auf drei Spitzbögen. Weite, flachbogige Öffnungen verbinden den Raum mit den Seitenkapellen. Die bis ins Detail von Hoffmann geplante Innenausstattung wie auch die Farbgestaltung sind überwiegend nicht erhalten. Dazu gehörten Altäre, Kanzel, Beichtstühle, Bänke und Kommunionbank. Umlaufender Bilderfries mit Darstellungen der Rosenkranzgeheimnisse, gemalt 1890 von August Martin. Umgestaltung des Chores 1974/75. Giebelfenster über dem Hauptportal 1928 von B. Kraus, Mainz. Glasfenster über dem Eingang der Beichtkapelle von 1952.
Bildwerke: kleines Gnadenbild (Vesperbild) 14. Jh., mehrfach überarbeitet, mit jüngerer Krone, in modernem Gehäuse. Moderne Kreuzigungsgruppe und Marienschrein um 1974/75 von Bildhauer Reinhold Schröder, Altlünen. Hl. Antonius und Paulus Eremita, Holz, neuere Fassung, nach 1500. In der Seitenkapelle Josefsaltar mit Figurengruppe Grablegung Josef mit Maria und Jesus, 19. Jh.; Gemälde „Maria, Schutzherrin des Rheingaues", 1858 von Fritz Simmler, Geisenheim, ehemals Bestandteil des Hauptaltares. Nach außen versetzte Grabplatte des Heinrich von Hohenweisel (†1485).
Kreuzigungsgruppe
aus Holz, um 1520, mit neuerer Fassung, Assistenzfiguren möglicherweise jünger. Standort hinter dem Außenaltar vor einer Wandnische an der Nordseite der Kirche unter modernem Dach von 1966. Das ursprünglich vom Kreuzaltar in der Eltviller Pfarrkirche stammende Kreuz war 1728 zur Eltviller Nikolauskapelle verbracht worden und wurde nach deren Abbruch 1858 nach Marienthal übernommen.
Kreuzweg, Bildstöcke und Heiligenfiguren
An dem um den Wiesengrund des Klingelbaches nördlich der Kirche herumführenden Pfad ein Kreuzweg sowie zahlreiche Bildstöcke; „Franziskusgärtchen" von 1915. Gestaltete, teilweise mit Steinen eingefasste Wege verbinden den Talgrund mit dem Klosterberg und dem dortigen Friedhof.
Kruzifix
Holzkorpus, jetzt im Inneren des Pfortenhauses. Das Holzkreuz stand im 19. Jh. am Eingang zum Friedhof. Dort ersetzt seither ein Abguss das ursprüngliche Kreuz.
Pietà
Holz, 18. Jh.?, farbige Fassung. Früher in der Ketteler-Kapelle, jetzt im Refektorium des Klosters.
Immaculata
Um 1880 auf Veranlassung von Bischof Blum aus dem Holz einer Linde geschnitzt, die in der Kirchenruine gewachsen war. 1938/39 Aufstellung in einer Nische an der Außenwand des Klostergebäudes.
Muttergottes
Barocke Sandsteinfigur des 18. Jhs., 1989-92 restauriert und vor dem Kloster unter einem pavillonartigen Schutzdach aufgestellt. Der ursprüngliche Standort war auf dem Klosterberg, wo die Figur 1906 durch eine neugotische Statue ersetzt wurde.
St. Josef
Neben dem Eingang zum Kloster. Nach 1900 errichtete Steinskulptur auf erneuertem Betonsockel.
Grenzsteine
in musealer Aufstellung vor der Kapelle des Klostergebäudes. Zwei Steine bez. CM (Convent Mainz) aus der Zeit der Jesuiten. Ein Stein F v M (Fürst von Metternich) 1845, dem Datum des Kaufs des Klosters durch den Fürsten Metternich.
Hl. Franziskus
Im Wald südwestlich des Klosters. Statue aus gebranntem Ton auf Sandsteinsockel. Stifterinschrift: „Errichtet von den Tertiaren zum III. Ordens-Jubiläum Leos XIII. 1897."
Herz-Jesu-Statue
1937 am Kreuzweg aufgestellt, ein Geschenk der Waldbreitbacher Brüder in Bad Kreuznach, ehemals im dortigen Park des Kankenhauses Marienwörth.
Muttergottes
als Himmelskönigin, neugotische Figur aus gelbem Sandstein, 1906 von Bildhauer Jakob Steinlein, Eltville. Am Standort auf dem Klosterberg im Wald ersetzte sie eine verwitterte barocke Muttergottesstatue (siehe oben).
Friedhofskreuz
Auf dem Friedhof der Gemeinschaft der Franziskaner in Marienthal. Holzkreuz mit Korpus aus gebranntem Ton. Abguss der Figur im Pfortenhaus.
Kruzifix
Holzkreuz mit Gusskorpus, aufgestellt um 1990 im ehemaligen Klosterwald oberhalb Kloster Marienthal, am Waldweg von Marienthal nach Johannisberg.
Kreuzweg
Bischof Blum ließ den Kreuzweg mit seinen 14 Stationen nach der Wiedereröffnung der Wallfahrten 1859 im Wiesental des Klingelbaches errichten. Erste Entwürfe von Philipp Hoffmann für Stationenkapellen aus Holz kamen nicht zur Ausführung. Die Stationen wurden von einzelnen Rheingaugemeinden gestiftet. Kapellen aus grobem Bruchsteinmauerwerk mit Satteldach und rundbogiger Nische, darin Reliefbilder, die aus der Kunsthandlung Mayer in München bezogen wurden.
Kapellen zu den Sieben Schmerzen Marias
Die sieben Kapellen wurden 1866 am Fuße des Abtswaldes östlich der Kirche errichtet und 1909 nach Entwurf von Architekt Georg Hartmann, Geisenheim, erneuert. Aus Backstein, geschlämmt, mit rundbogiger Nische und Satteldach; Nischen mit Bruchsteinmosaik ausgelegt, darin qualitätvolle Bildreliefs. Auf der Anhöhe Versperbild mit hohem Kreuz.
Ketteler-Kapelle
Am bewaldeten Hang über dem Kreuzweg. 1927 anlässlich des 50. Todestag des Bischofs durch die Stanislaus-Kongregation des Lehrlingshauses in Mainz neu errichtet. Am gleichen Ort stand eine ältere Kapelle, die ein Lieblingsaufenthalt des Bischofs Ketteler war. Das in das Refektorium des Klosters verbrachte alte Vesperbild wurde durch eine Kopie ersetzt.