Die Ruine der Boyneburg befindet sich auf einem erhöht liegenden, dreiseitigen Plateau des nordwestlichsten Ausläufers der Ringgauhochfläche. Von diesem Platz war es möglich, wichtige Durchgangsstraßen einzusehen und zu kontrollieren. Vermutlich errichteten die Grafen von Northeim an dieser strategisch bedeutsamen Stelle schon im 11. Jh. eine Wehrburg, die erstmals im Jahr 1107 inschriftlich erwähnt wird. Noch in diesem Jahr befahl Heinrich IV. die Zerstörung der Burg, da sie einen wichtigen Stützpunkt der sächsischen Adelsopposition gegen die Königsherrschaft darstellte. Nach dem Aussterben der Linie der Grafen von Northeim fiel die Burg in den Besitz des Reiches. Um dessen Stärke baulich zu manifestieren, entstanden unter der Leitung des Abtes Markward von Fulda in den Jahren 1150-1161 neue Gebäude und verstärkte Befestigungen. 1156 stattete Kaiser Friedrich I. der Burg einen machtdemonstrativen Besuch ab. Die Kapelle der Burg wurde im Jahr 1188 unter dem Patrozinium Petri et Mariae geweiht.
Zu Beginn des 14. Jhs. etablierte sich das Geschlecht der v. Boyneburg als dem Reich unterstellte Burgmannen. Als treue Vasallen erkennen diese erst in der Mitte des 15. Jhs. die hessische Lehnshoheit an, obwohl König Adolf I. schon 1292 die Reichsburg Boyneburg und die Stadt Eschwege dem hessischen Landgrafen Heinrich I. als Reichslehen übereignet hatte.
Im 14. Jh. hatte sich die Familie von Boyneburg in drei Stränge gespalten, die zusammen die Burg verwalteten und bewirtschafteten. Aus dieser Zeit stammen die erhaltenen Reste der Anlage, eine Kapelle sowie der Stumpf eines Befestigungsturmes.
Im letzten Drittel des 15. Jhs. war die Burg verlassen, da sich die dort lebenden Familien in der nahen Umgebung niedergelassen hatten. Während des Dreißigjährigen Krieges fand sie ihren endgültigen Untergang: 1626 wurde sie von Tilly geplündert, 1637 von kroatischen Truppen verbrannt.